旗艦是最大的飛船類型，包括各種軍用和民用型號和等級。其他顯著的特點是，它們不像小型船隻那樣直接駕駛，而是由船長和指揮人員指揮，而且它們只能與專門的旗艦船塢停靠，而不是與標準的停機坪設施停靠。
類型[]
戰列巡洋艦[]
A Farragut-Class Battle Cruiser
聯邦海軍和帝國海軍使用獨特的旗艦，主要是為戰鬥和艦隊派遣而設計的，稱為戰列巡洋艦。它們能夠運輸和部署小型飛船和艦載戰鬥機的中隊。
法拉格戰列巡洋艦是聯邦的主流戰列巡洋艦。法拉格號裝備了大量的機密武器，長度超過兩千米。它是聯邦海軍的骨幹力量，也是聯邦Intervention艦隊的核心。
A Majestic-Class Interdictor
莊嚴級攔截艦是帝國的戰列巡洋艦。它有一系列的武器裝備，包括模組化攔截炮和軌道炮。它的長度略低於兩千米。雖然它的武器裝備不如聯邦的法拉格號，但它也被設計為通過外交手段來投射軟實力，並具有一個能夠模擬重力的旋轉環。
巨型飛船[]
Gnosis，一艘飛行操作載體巨艦
民間操作的旗艦通常被歸類為"巨型飛船"。有許多亞型，它們扮演著各種特定的角色。三種主要類型是Bulk Cruiser，用於從貨物運輸到囚犯監禁的任何東西，飛行作業航母，具有五個停機坪，以及Generation Ship，這是過時的、超空間引擎前的船隻，曾經用於以亞光速運輸星際殖民者。
Fleet Carrier[]
A Drake-Class Carrier
Fleet Carrier是帶有停機坪的旗艦，可以容納較小的飛船。它們可以由飛行員聯盟許可的飛行員購買和操作，他們負責指揮和支付薪水給船員。現有的唯一艦隊航母型號是德雷克級航母，是Brewer Corporation的產品。
其他[]
其他類型的旗艦包括:
- Battleship--有史以來最大和最強大的軍事飛船，比戰列巡洋艦裝備更重，速度更慢。
- Thargoid Mothership - 據報導，Thargoid 所使用的旗艦飛船。
注釋[]
- 在 "指揮官直播 "中，一位觀眾問道："將來有機會玩旗艦嗎？"，大衛-布拉本回答說。他回答說："這在名單上，但在名單的後面還有很長的路要走，因為要使它發揮作用有很多的遊戲規則。這個問題就是我們所說的直接控制和執行控制之間的區別。在這裡，你不是靠你坐在椅上飛行，而是向一艘巨大的飛船發出命令。因為你不能指望它能非常迅速地改變航線，以及諸如此類的事情。所以，這當然是一種長期的可能性，但這是長期的。"[1][2]