所有的飛船都以飛船裝甲（Bulkhead）為飛船提供防護。越重的裝甲提供的防護能力越高，但相對的就會犧牲飛船的機動性與極速。
種類[]
決定飛船裝甲防護能力的數值為裝甲耐久度（hull，有時亦稱為integrity）與對不同傷害類型的抗性（resistance）——熱能（thermal）抗性、動能（kinetic）抗性與爆破（explosive）抗性——所組成。此外，不同的飛船亦有不同的裝甲強度（Armour Hardness），此特性無法更動。
每一艘船都有5種不同的裝甲：
- 默認的原廠輕合金裝甲（Lightweight Alloy），提供基礎的裝甲耐久度，無任何撞擊抗性。
- 廉價的強化合金裝甲（Reinforced Alloy）提供更多裝甲耐久度，亦提供了相應的撞擊抗性。
- 價格稍貴的軍用裝甲（Military Grade Composite）提供了最多的裝甲耐久度，並有著最高的撞擊抗性。
- 極為昂貴的鏡面裝甲（Mirrored Surface Composite）提供了最多的裝甲耐久度，且有更好的熱能傷害抗性，但代價為相對較低的動能傷害抗性。亦有著最高的撞擊抗性。
- 最為昂貴的反應裝甲（Reactive Surface Composite）提供了最多的裝甲耐久度。有更好的爆破與動能傷害抗性，但是降低了對熱能傷害的防禦。亦有著最高的撞擊抗性。
裝甲可在部分飛船配置服務的商店購買。一般規律是，若空間站的船塢並未販賣該飛船，則也不會販賣該飛船所能安裝的裝甲。
穿透[]
大部分武器還可能擊穿船體、直接打擊船内的部件。此時的攻擊將不對船體耐久度（hull）造成傷害，而是由被擊中的部件承受所傷害。對部件造成的擊穿傷害可透過安裝部件加固套組（Module Reinforcement Package）來減少。
目標有護盾時，不會造成擊穿效果；而目標船體耐久度越低，擊穿概率越高。如下圖所示：
部分參數[]
| 級別評級 |
裝甲種類 |
耐久度提升 | 動能抗性 | 熱能抗性 | 爆破抗性 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1C | 原廠輕合金裝甲（Lightweight Alloy） | +80% | -20% | 0% | -40% |
| 1C | 強化合金裝甲（Reinforced Alloy） | +152% | -20% | 0% | -40% |
| 1C | 軍用裝甲（Military Grade Composite） | +250% | -20% | 0% | -40% |
| 1C | 鏡面裝甲（Mirrored Surface Composite） | +250% | -75% | 50% | -50% |
| 1C | 反應裝甲（Reactive Surface Composite） | +250% | 25% | -40% | 20% |